本研究所為公部門、民間產業界培養理論與實務兼備的高階人才，以滿足國人對食品安全的迫切需求，包括以下三項主要教育目標:

1.培養具有食品安全風險分析與跨領域智慧管理能力之專業人才

2.培養具有農業健康科技研發與食安檢測技術之科技人才

3.培養具有危機溝通能力與社會人文關懷的食安教育人才